Der zwischenstaatliche Rat beschließt das Programm des IHPs, legt Prioritäten fest und überwacht deren Durchführung. Er setzt sich aus 36 UNESCO-Mitgliedstaaten zusammen, die von der Generalkonferenz der UNESCO gewählt werden. Bei der Zusammensetzung des Rates wird auf eine gerechte geografische Verteilung und eine angemessene Rotation der Vertreter*innen der Mitgliedstaaten geachtet. 

Österreich ist seit 2015 Mitglied im zwischenstaatlichen Rat und wird dort von dem international anerkannten und mehrfach ausgezeichneten Experten Univ.-Prof. Dr. Dipl.-Ing. Helmut Habersack vertreten. Für die Periode 2024-2025 wurde er zum Vorsitzenden des zwischenstaatlichen Rates gewählt. Darüber hinaus hat Prof. Habersack seit 2014 den UNESCO-Lehrstuhl für integrative Fließgewässerforschung und -management inne und ist Vorsitzender des Geo/Hydro-Science Nationalkomitees an der österreichischen Akademie der Wissenschaften.